制作医学动画，除了要进行普通的三维动画流程外，还需要由该项目对应分科的医学指导或者医学编辑、翻译人员，对三维设计人员进行医学知识培训。待三维设计人员彻底明白原理以后，再进行必要的三维过程。而医学指导人员则一跟到底，直到项目完成。这是制作医学动画的特殊之处。设计师在这个虚拟的三维世界中按照要表现的对象建立模型以及场景，将人体内部从宏观的器官模型，到微观的分子结构，给予直观的展示。
而医学动画师们需要通过建模、材质、灯光、绑定、流体、粒子动画、摄影机控制、渲染、合成，最终才会呈现出精美、便于理解的医学动画作品。
医学动画是一件将艺术美学与医学的严谨紧密结合的作品，一方面从技术上说要实现动画的创意要求和专业性。另一方面则需要在色调、构图、镜头设计等方面进行再创造和加工。最终才会呈现出优秀的作品。
